تكثف وكالة الرئاسة العامة لشؤون المسجد النبوي أعمال تعقيم وتطهير وتهيئة المسجد النبوي من خلال الجهود اليومية التي تقوم بها إدارة التطهير التابعة للإدارة العامة للشؤون الخدمية لضمان سلامة الزائرين والمصلين بالمسجد النبوي وحفاظاً على استمرار تعقيم الأرضيات الخاصة بمواقع الزيارة والصلاة.
وتقوم الإدارة بتعقيم المصليات داخل أروقة المسجد النبوي من خلال أجهزة التعقيم الحديثة وبمواد ذات فاعلية في تعقيم الأسطح والأرضيات والممرات والأبواب من الداخل وتضافر الجهود بين كوادرها البشرية بتكثيف عمليات التعقيم والتطهير بأفضل وأجود المعقمات والمطهرات الصديقة للبيئة مما يسهم في توفير جو صحي وبيئة آمنة داخل المسجد النبوي ومرافقه، وتوفر الإدارة البراميل الخاصة بالنفايات ، وصناديق الأحذية ، وأيضًا استخدام المعقمات لتعقيم وتطهير ساحات باب السلام والبقيع وباب النساء بكمية تبلغ 6300 لتر وبعدد 15 مُعدّة خاصة بالتعقيم والتطهير ، كما يتم توفير كمية الأكياس الخاصة بحفظ الأحذية والتي تبلغ 18000 كيس بما يعادل 20 لفة في اليوم الواحد.
وتستخدم الإدارة عدداً من المكائن لغسيل أرضيات الساحات والمواقف والتوسعات يومياً تبلغ 52 مكينة غسيل ، وتم توفير كراسي لكبار السن موزعة على مداخل المسجد النبوي والتوسعات وأقسام النساء حيث يبلغ عددها 10000 كرسي تقريباً ، و غسيل وتعقيم الأرضيات داخل المسجد النبوي والتوسعات والساحات الخارجية 10 مرات يومياً من خلال ماكينات خاصة ومزودة بتعقيم وتطهير الأرضيات ، كما تقوم الإدارة بتأمين المكانس الكهربائية لكنس سجاد المسجد النبوي والتي يبلغ عددها 200 مكنسة على مدار الساعة ، فيما يبلغ عدد الدواليب الخاصة بالأحذية التي يتم تنظيفها وتعقيمها 2600 دولاب.