كثفت إدارة التطهير وسجاد المسجد الحرام أعمال النظافة والتعقيم بالمسجد وساحاته على مدار الـ24 ساعة، وجندت 3.500 عامل وعاملة للتطهير والتعقيم والتعطير لاستقبال الحجاج. وتعمل الإدارة على زيادة عمليات التطهير والتعقيم للوقاية من فايروس كورونا، إذ يُغسل المسجد الحرام وساحاته الخارجية ومرافقه 10 مرات يوميا، بمشاركة 3.500 عامل وعاملة يعملون على 3 ورديات خلال الـ24 ساعة، مستخدمين أجود أنواع المطهرات والمعقمات والمعطرات التي جُلبت خصيصاً للمسجد الحرام. ويُستخدم يوميا نحو 54 ألف لتر من المطهرات أثناء الغسيل، و95 معدة غسيل حديثة، و2.400 لتر من المعقمات، منها 1.500 لتر للأسطح، و900 لتر معقمات يدوية، و1.050 لترا من المعطرات.
كما تقوم إدارة التطهير بغسل صحن المطاف بالكامل وغسل حجر إسماعيل عليه السلام ومسح وتعطير وتعقيم الحجر الأسود والركن اليماني والملتزم، وتعقيم الحواجز المحيطة بالكعبة المشرفة بعد غسلها، كما يتم غسل المكبرية وتعقيمها على مدار اليوم.